193S'te Muradiye Külliyesi'nin medrese bölümünde müze deposu olarak kuruldu. 1943'te müze olarak ziyarete açıldı. Medresenin yanındaki imaret de onarılarak müzeye kazandırıldı. 1972'de yeni bir düzenlemeyle, imaret bölümü arkeolojik eserlerin sergilenmesine, medrese ise etnografik yapıtlara ayrıldı. Arkeoloji bölümünde, tarih öncesi'nden Bizans'a değin çeşitli buluntular sergilenir. Etnografya bölümünde ise silahlar, giysiler, ahşap oyma yapıtlar, çiniler, elişleri, halı, kilim vb. yöresel koleksiyonlar vardır.
Müzenin en büyük salonu olan Sardes salonu, dünyü müzeleri içinde önemli bir yer tutmaktadır. 1957 yılından bu yana Sardes kazılarından ele geçirilen buluntular bu salonda sergilenmektedir.
Kent çevresindeki prehistorik yerleşmelerden getirilen MÖ 25.000 yıl önce yaşadığı varsayılan homosapiens türü insana ait fosil ayak izleri de müzenin ilgili bölümünde sergilenmektedir.
Muradiye Külliyesi'nin medrese bölümünde, Anadolu Türk sanatından örnekler sergilenmektedir.