Bithynialılar tarafından kurulan kent, sonra sırasıyla Kimmer, Lydia, Pers, Makedonya, Roma ve Bizans egemenliklerini yaşadı.
1084'te Anadolu Selçukluları'nın eline geçti. 1402'de Candaroğulları Beyliği'nin egemenliğinde iken, Yıldırım Beyazıt tarafından Osmanlı topraklarına katıldı. Aynı yıl Timur'a yenilen Osmanlılar, yöredeki üstünlüklerini yitirince yeniden Candaroğulları Beyliği'nin denetimine girdi. Fatih zamanında kesin biçimde Osmanlılar'a bağlandı.
Safranbolu eski görünümünü günümüze değin koruyabilen ender yerleşimlerden biridir.
Anadolu Türk mimarisinin özgün örnekleri evler, dar sokaklar, meydanlar, çeşmeler ve hanlar, kentin yaşayan güzellikleridir. Yerleşme alam,1976'da doğal, tarihi, arkeolojik ve kentsel sit alanı ilan edildi.