1161-1164 arasındaki Gürcü egemenliğinden sonra, kent kesin bir biçimde Selçuklular'ın elin< geçti. 1200'de yeniden egemenlik kuran Gürcüler, 1239'a değin varlıklarını korudular. 1239-1355 arasında Moğollar'ın yönetiminde kaldı. 1356'da Altınordu, 1380'de Karakoyunlu devletlerinin egemenliğine girdi. 1387'de Timur'un kuşatmasına direnemeyerek teslim olan Karsla birlikte yönetim değişti. 1406'da yeniden Karakoyunlular'ın eline geçti.1468'de kapısından ortadakine, sağ üstündeki arslan kabartması nedeniyle Arslanlı Kapı, sağdakine Çiftebeden Kapısı, soldakine Hıdrellez Kapısı denir. Arslanlı Kapı'daki arslan kabartmasının yanında, Sultan Menuçehr'e ait bir yazıt yer alır. Taş surların düzlüğe rastlayan kuzey kesimi, sık aralıklarla yerleştirilmiş iki katlı kulelerle güçlendirilmiştir.

Kentin güneyindeki Orta Ani Surları ya da İçkale denilen surlar ise 10. yy'm başında Aşot III tarafından yaptırıldı. Sur içinde, kent merkezinde yer alan Büyük Katedral ya da Selçuklu dönemindeki adıyla Fethiye Camisi, Ermeni mimarisinin en belirgin örneğidir. Güney duvarındaki yazıtta Kral Sımpat II döneminde yapımına başlanıp Kraliçe Katerina döneminde (989-1020) bitirildiği belirtilir. Yapı, Yunan haçı planında kubbeli bir bazilikadır. Apsis, sekiz eşit nişe bölünmüş olup yanlarda hücreler vardır.

Surp Krikor Kilisesi ya da Horentz Kilisesi kentin doğusunda, Arpaçay'a inen sarp kayalıkların eteğinde yer alır. Güney duvarındaki yazıtta, 1215'te Dikran'ın yaptırdığı yazılıdır. Dış yüzünde alçak kabartma sütuncuklar, sağır kemerler ve kemerlerin birleştiği yerde kuş ve hayvan figürleri vardır. Merkezi planlı yapı, konik kubbeyle örtülüdür. İç mekân İncil'den alınan konuların canlandırıldığı freskler, stilize bitki ve haç motifleriyle bezelidir.

Katedralin kuzeybatısında, arka arkaya iki kilise vardır. Kral Hayk'ın Surp Krikor Kilisesi, 11. yy'a tarihlenen merkezi planlı bir yapıdır. Günümüze çok az kalıntısı ulaşmıştır. Bu kilisenin güneyinde, Pahlavidler'in aile gömütü olduğu sanılan yonca planlı Surp Krikor Kilisesi yer alır. 10. yy'a tarihlenen yapının duvarlan dıştan üçgen nişlerle bezelidir. Arpaçay'ın batısındaki vadide, 12. yy'ın sonuna tarihlenen Altıgen Martyrion'un duvarları ve konik çatının kasnağı, yarım sütunlar ve sağır kemerlerle bölümlendirilmiştir. Bunun gibi yıkık durumdaki diğer kiliseler arasında; doğudaki Keçeli Kilise ya da Halaskar Kilisesi (Surp Pırgiç 11. yy), güneydeki kayalıklar üzerinde 13. yy kilisesi, surların dışında kuzeydoğudaki Çoban Kilisesi, doğu uçtaki Bakireler Manastırı ile batı uçtaki Aşot Kilisesi sayılabilir.

Günümüze ulaşabilmiş Selçuklu yapıları az sayıda ve çok yıkıktır. Ebul Muammeran Camisi (12. yy), Büyük Katedralin güney batısındadır. Son cemaat yeri ile dış avlusu yıkılmış olan caminin üç sahınlı ana mekânı renkli mozaik kaplıdır. Sekizgen minaresi gözetleme kulesi olarak da kullanılmıştır. Büyük Katedral'in batısındaki Menüçehr Camisi'nden geriye (11. yy), minare ile duvarlarından kimi bölümler kalmıştır. Kentin ortasındaki kervansaray 12. yy'a tarihlenir. Çiftebeden Kapısı'nın batısında, dik bir yamaçta konumlanmış yapı saraydır. Arpaçay üzerindeki tek gözlü Selçuklu köprüsünün kemer bölümü yıkılmıştır.