Saray, plan yönünden Topkapı Sarayı ile benzerlik gösterir. Değişik işlevli bölümler iç içe iki avlunun çevresinde toplanmıştır. Doğu-batı doğrultusunda uzanan yapı, güney ve batıda yüksek duvarlı teraslar, bodrum katları, dolgulu temel duvarları üzerine oturmaktadır. Bahçeler dışında, 115x50 m boyutlarında bir alanı kaplar. Kale surlarına benzeyen yüksek duvarlarıyla bir şato görünümündeki sarayın 366 odası, divan, cami, türbe, mutfak, fırın, hamam ve ahır gibi bölümleri vardır.

Kesme taştan, kare planlı cami, sarayın günümüze en sağlam ulaşabilmiş yapısıdır. Minber duvarına bitişik, avluya bakan kesme taştan türbe sekizgen planlı, iki katlıdır. Çolak Abdi Paşa ve İshak Paşa ile yakınlarının bu türbede yattığı sanılmaktadır. Saray, merkezi ısıtma sistemine sahiptir. Yapı, odaların duvarlarındaki kanallardan geçen ve sıcak su taşıyan pişmiş toprak borularla ısıtılmaktadır.